博物馆占地面积75亩,建筑面积12000平方米(老馆2000平方米,正在建设的新馆约10000平方米)。博物馆基本陈列分为“放王岗汉墓遗址陈列”、“巢湖汉墓出土文物精品陈列”和“巢湖市名人名贤馆”三部分。现有馆藏文物3627件,其中一级文物42件,二级文物51件,三级文物404件。
博物馆先后与安徽大学历史系、巢湖学院进行共建活动,成为安徽大学历史系大学生就业实习基地、巢湖学院大学生社会实践基地。巢湖市博物馆是国家三级博物馆、安徽省爱国主义教育示范基地、安徽大学历史系大学生实习基地、合肥市社会科学知识普及示范基地和国家AAA级旅游景区。